La Asociación Salesiana de Don Bosco firmó un  Convenio de cooperación académica con la Universidad Francisco Marroquín  en 1971. A partir de 1972 los Salesianos de Don Bosco desarrollaron  programas humanísticos amparados por la Universidad Francisco Marroquín.  Se crearon carreras, departamentos y facultades. Cabe destacar entre  esos programas: los Profesorados en Pedagogía y Ciencias de la  Educación, Profesorado en Teología, Profesorado en Inglés y Profesorado  en Historia. La Facultad de Ciencias de la Comunicación tuvo gran  desarrollo y se establecieron las especialidades de: Técnico y  Licenciatura en Ciencias de la Comunicación Social, Licenciatura en  Publicidad y Licenciatura en Producción radial y televisiva. Ahí tuvo  sus inicios la Universidad Mesoamericana.

Aprovechando la experiencia y desarrollo universitarios que se  habían logrado, se iniciaron los trámites de fundación de una nueva  universidad en 1996. El 1ro. de octubre de 1999 fue aprobada la  Universidad Mesoamericana por el Consejo de la Enseñanza Privada  Superior de Guatemala. El año 2000 comenzaba a funcionar la nueva  universidad con las Facultades de Ciencias Humanas y Sociales y Ciencias  de la Comunicación Social. Un año más tarde, en alianza estratégica con  la Asociación de Gerentes de Guatemala, se creó la ESAG, Escuela  Superior de Alta Gerencia, para impartir Maestrías.

El año 2002 se  fusionaron 15 carreras de la ciudad de Quetzaltenango como parte de la  Universidad Mesoamericana. El año 2003 se autorizó la Facultad de  Medicina en dicha sede.

El año 2004 lo consideramos como un período de consolidación del  proceso llevado a cabo a nivel estructural, de personal y de mejora de  la calidad académica.

En el año 2006 se hizo una reestructuración general de las  facultades y carreras de la Universidad Mesoamericana, quedando de la  siguiente manera:

 Sede Guatemala

•    Facultad de Ciencias de la  Comunicación Social
•    Facultad de Ciencias Humanas y Sociales
•    Escuela Superior de Alta Gerencia

Sede  Quetzaltenango

•    Facultad de Medicina
•    Facultad de Ciencias Económicas
•    Facultad de Ingeniería
•    Facultad de Derecho
•    Facultad de Arquitectura

En el 2007 se abrió la carrera de Odontología en Quetzaltenango y  en 2008, en la sede de Guatemala, empiezan la Ingeniería en Informática y  la Maestría en Finanzas Empresariales.